O novem sevu koronavirusa, ki mu je stroka nadela ime omikron, je že precej zapisanega, čeprav njegove karakteristike za zdaj ostajajo zavite v tančico skrivnosti. Pri Nacionalne laboratoriju za okolje in hrano (NLZOH) smo se pozanimali, kako ugotavljajo prisotnost določenega seva in, ali so morda omikron sev zaznali tudi že v Sloveniji.
Kako pri nas v laboratoriju odkrijejo sev?
Različice sevov pri nas odkriva Nacionalni laboratorij za okolje i hrano (NLZOH). “Vse različice iščemo oz. določamo s postopkom sekvenciranja,” pojasnjujejo. “To pomeni, da primerjamo genomsko zaporedje (besedilo iz 30.000 črk) virusa v preiskovanem vzorcu z mednarodno dogovorjeno bazo genomskih zaporedij poznanih različic,” podrobneje razložijo.
Načina za ugotavljanje različice sta dva. Omikron odkrivajo z iskanjem kombinacij mutacij.
“Drug način za ugotavljanje različice je tudi uporaba posebnih PCR reakcij, v katerih iščemo kombinacijo mutacij značilnih za različico omikron. Rezultati takšnega testiranja so sicer zelo hitri, saj jih pridobimo v enem dnevu, jih je pa potrebno potrditi s sekvenciranjem. Pri sekvenciranju priprava, sekvenciranje in analiza trajajo nekaj dni, tako so rezultati znani z eno do dvotedenskim zamikom.”
Za potnike iz držav s potrjenimi primeri ali za njihove stike epidemiologi še posebej naročajo določanje različice omikron in te analiziramo prednostno.
Seveda pa sekvenciranja ne uporabljajo na vseh pozitivnih vzorcih, kajti metoda je preveč dolgotrajna in število pozitivnih vzorcev preveliko.. S to metodo obdelajo le okrog 10 odstotkov PCR vzorcev: “Sekvenciramo do 10% na PCR testu pozitivnih vzorcev vseh posameznikov, ne le tistih, ki se vračajo iz juga Afrike. Za potnike iz držav s potrjenimi primeri ali za njihove stike epidemiologi še posebej naročajo določanje različice omikron in te analiziramo prednostno.”
Od kod ime omikron?
Seve koronavirusa stroka poimenuje po grških črkah. Pri poimenovanju novega seva so strokovnjaki “preskočili” dve grški črki. Nu niso uporabili, kajti zlahka se jo zamenja za new, Xi pa je zelo pogost kitajski priimek, med drugim tudi priimek trenutnega kitajskega vodje. Naslednja črka grška abecede je omkron, oziroma omicron in z njo je poimenovana najbolj “sveža” in še skrivnostna različica.
Seva doslej pri nas še niso zaznali
O sevu že nekaj dni poročajo v mnogih evropskih državah. Med drugim je bil potrjen tudi že v Avstriji in Italiji. Nekatere države zapirajo meje, predvsem pa se je poostril nadzor potnikov, ki prihajajo iz Južne Afrike.
V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano s sekvenciranjem do tega trenutka nismo potrdili primera nove različice omikron.
Pri NLZOH medtem pojasnjujejo: “V Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano s sekvenciranjem do tega trenutka nismo potrdili primera nove različice omikron.”
Kljub temu podatku pa je ob dnevnih migracijah ter domnevni visoki nalezljivosti seva iluzorno pričakovati, da ga tudi pri na ne bi zaznali kaj kmalu.
